ลักษณะรูปแบบขององค์เจดีย์จะประกาศให้ผู้พบเห็นรับทราบเองว่าพระมหาเจดีย์องค์นี้ คือ สัญลักษณ์แทนองค์หลวงตาพระมหาบัว ญาณสัมปันโน โดยเป็นทั้งพระธาตุเจดีย์
๑.พระมหาเจดีย์มีรูปทรงดอกบัว ขนาดเส้นผ่านศูนย์กลางของฐาน ๗๔ เมตร ความสูงจากฐานถึงยอดฉัตร ๖๕ เมตร มีถนนโดยรอบ
๒.ห้องใต้ฐานปฏิบัติธรรม พื้นที่ ๑,๑๐๐ ตารางเมตร เป็นที่ปฏิบัติธรรมและประกอบศาสนกิจ มีระเบียงกว้าง ๗.๑๐ เมตรใช้เป็นที่เดินประทักษิณของอุบาสก-อุบาสิกา
๓.ห้องโถงเก็บพระบรมสารีริกธาตุและอัฐิธาตุ ทรงครึ่งวงกลมคล้ายระฆังคว่ำเส้นผ่านศูนย์กลางภายใน ๑๘ เมตร มีระเบียงดอกบัวกว้าง ๗.๔๐ เมตรใช้เป็นที่เดินประทักษิณของพระภิกษุ-สามเณร